在ISHH，整個實驗周期是比較長的，實驗程序也比較繁雜，原位雜交檢測，而雜交在ISHH整個實驗中可被認為是“短兵相接”的一步。雜交前的一切準備工作如增加組織通透性都是為了在雜交這一步驟中核酸探針能進入細胞或組織與其內的靶核苷酸相結合。因此，雜交是ISHH中關鍵的而且是重要的一個環節。雜交是將雜交液滴于切片組織上，加蓋硅化的蓋玻片，染色體熒光原位雜交，防止孵育過程中的高溫（50℃左右）導致雜交液的蒸發。為保證雜交所需的濕潤環境，可將其放在盛有少量5×SSC或2×SSC（standard saline citrate， SSC）溶液的硬塑料盒中進行孵育。雜交液的成分和預雜交液基本相同，所不同的是加入了標記的核酸探針和硫酸葡聚糖。

原位雜交是一(yi)種非常重(zhong)要的技術(shu)，因(yin)為它可(ke)(ke)以在(zai)細(xi)胞(bao)(bao)或組織的自然環境中(zhong)研究基(ji)(ji)因(yin)表達和(he)(he)調(diao)控。它可(ke)(ke)以幫助科學家們(men)了解基(ji)(ji)因(yin)在(zai)特定組織或細(xi)胞(bao)(bao)類型(xing)中(zhong)的作(zuo)用和(he)(he)功能，以及在(zai)疾(ji)病發(fa)生(sheng)和(he)(he)發(fa)展過程中(zhong)的變化(hua)。此外，這項技術(shu)還可(ke)(ke)以用于檢測(ce)基(ji)(ji)因(yin)變異和(he)(he)染色體異常，以及監(jian)測(ce)細(xi)胞(bao)(bao)生(sheng)長和(he)(he)凋亡(wang)。

雖然原位(wei)(wei)雜交是一項非(fei)常(chang)有用的技術(shu)(shu)，但它也有一些限(xian)制。首先，染色體(ti)原位(wei)(wei)雜交，探針(zhen)的特異性可(ke)能受到(dao)干擾(rao)，導致錯(cuo)誤的結果。其(qi)次，探針(zhen)的數量(liang)(liang)和位(wei)(wei)置可(ke)能受到(dao)細胞(bao)或組(zu)織中(zhong)其(qi)他成分的影響(xiang)。此(ci)外，這(zhe)項技術(shu)(shu)的操作比(bi)較繁(fan)瑣，需要專門(men)的技術(shu)(shu)和設備(bei)，而且需要大量(liang)(liang)的實驗和對照才能獲得(de)可(ke)靠的結果。

原(yuan)位雜(za)交(jiao)技術可以應(ying)用于以下場景：

組織中病(bing)毒DNA/RNA的檢測和(he)定(ding)位。例如，可以(yi)用于檢測EB病(bing)毒mRNA、人類狀(zhuang)瘤病(bing)毒和(he)巨細胞(bao)病(bing)毒DNA等。

癌基因(yin)(yin)、抑癌基因(yin)(yin)及其(qi)(qi)他各(ge)種功(gong)能基因(yin)(yin)在轉(zhuan)錄(lu)水平的表(biao)達及其(qi)(qi)變化的檢測(ce)。

檢測(ce)染(ran)色(se)體的變(bian)化，湖北(bei)原(yuan)位雜交(jiao)，如染(ran)色(se)體數量異常和染(ran)色(se)體易(yi)位等。

在植物基因組研究中的應用。例如，通過與特定基因序列的探針進行雜交，可以在植物染色體上定位到目標基因的位置，進而構建遺傳圖譜，為植物育種和基因組研究提供基礎數據。

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